تمیز کردن پتری دیش به طور کلی از چهار مرحله خیساندن، مسواک زدن، خیساندن با اسید و شستشو انجام می شود.
1. خیساندن: ظروف شیشه ای نو یا دست دوم باید ابتدا در آب خیس شوند تا ضمائم نرم و حل شوند. قبل از استفاده از ظروف شیشه ای جدید، به سادگی آن را با آب لوله کشی کنید و سپس آن را در یک شب در اسید هیدروکلریک 5 درصد خیس کنید. ظروف شیشه ای استفاده شده اغلب دارای مقدار زیادی پروتئین و روغن هستند که پس از خشک شدن به راحتی شسته نمی شوند، بنابراین باید بلافاصله پس از استفاده برای مسواک زدن در آب تمیز غوطه ور شوند. .
2. مسواک زدن: ظروف شیشه ای خیس شده را در آب مواد شوینده بریزید و بارها و بارها با یک برس نرم مسواک بزنید. گوشه های مرده را ترک نکنید و از آسیب به سطح ظروف جلوگیری کنید. ظروف شیشه ای تمیز شده برای ترشی را بشویید و خشک کنید.
3. ترشی: ترشی عبارت است از خیساندن ظروف فوق در محلول تمیز کننده ای که به آن محلول اسید نیز می گویند تا از طریق اکسیداسیون قوی محلول اسید، مواد باقیمانده احتمالی روی سطح ظروف از بین برود. ترشی نباید کمتر از شش ساعت باشد، معمولاً در طول شب یا بیشتر. هنگام دست زدن به ظروف مراقب باشید.
4. آبکشی: ظروف بعد از مسواک زدن و ترشی کردن باید با آب کاملاً شسته شوند. این که آیا ظروف بعد از ترشی شسته شوند، مستقیماً بر موفقیت یا شکست کشت سلول تأثیر می گذارد. هنگام شستن ظروف ترشی با دست، هر ظرف باید به طور مکرر حداقل 15 بار «پر از آب خالی» شود، 2-3 بار در آب تقطیر مجدد غوطه ور شود، خشک یا خشک شود و سپس برای استفاده بعدی بسته بندی شود.